Фонд «Московские энциклопедии» был образован в 2007 году по инициативе Академика Российской академии образования, профессора Сигурда Оттовича Шмидта и во исполнение Постановления Правительства г.Москвы № 693-ПП от 12 сентября 2006 года «О мерах по обеспечению выхода в свет Московской энциклопедии и организации работ по выпуску на ее основе новых энциклопедических изданий» для осуществления научно-просветительской, образовательной, издательской и благотворительной деятельности.
Единоличным исполнительным органом Фонда «Московские энциклопедии» является Президент Фонда
Председателем Правления Фонда был избран Семен Матвеевич Линович. а Президентом — Александр Ильич Музыкантский. Фонда Исполнительным директором Фонда был назначен Сергей Евгеньевич Трубе.
С 2012 года Президентом Фонда является С.Е.Трубе, а директором Фонда, с 2013г., Е.В.Матюшина.
За время работы Фонда были выпущены 6 (шесть) книг академической московской энциклопедии с биографиями более 12 000 человек, оставивших заметный след в истории города, уникальный большой атлас Москвы, наборы DVD-дисков. Значительная часть тиража изданий «Московской энциклопедии» была передана в школы и библиотеки города.
За период с 2015 по 2018 год Фондом «Московские энциклопедии» было создано несколько культурно-просветительских интернет-проектов:
«Лик России» — интерактивный исторический проект, цель которого – просветительская работа, дистанционное обучение, популяризация исторического наследия, развитие духовных ценностей среди российской молодежи. Проект был реализован в сотрудничестве с обществом «Знание» и при участии историков и архивистов.
«Е-класс. История России» — дистанционный образовательный проект по истории для учащихся 10-11 классов. Проект реализован при участии историков и преподавателей истории России.
Сайт «Малые города России – история» — историко-просветительский проект, рассказывающий об истории, культуре, достопримечательностях малых городов Владимирской области и Красноярского края. Проект реализован при участии историков, журналистов и фотографов.
Летом 2017 года Фонд «Московские энциклопедии» при поддержке Департамента труда и социальной защиты населения г.Москвы начал сотрудничество с Территориальными центрами социального обслуживания ЦАО г.Москвы, а в 2018 году к ним добавилось Управление социального обслуживание населения ЦАО г.Москвы.
Весной 2018 г. при поддержке Фонда «Московские энциклопедии» был создан проект REVERберация (Реверберация).
